E alla fine arriva mamma (stagione 6)

Ted ha l'occasione della vita quando viene incaricato di progettare la nuova sede della GNB al posto di un antico albergo in rovina, l'Arcadian; in questo frangente incontra Zoey, una donna che protesta contro il progetto. Nonostante le molte divergenze e i diversi caratteri, i due s'innamorano, cercando di portare avanti un difficile rapporto. Contemporaneamente, Lily e Marshall hanno deciso che è ora di provare a metter su famiglia, ma incontrano vari problemi. Lo stesso Marshall si ritrova ad affrontare il momento più difficile della sua vita, quando il padre Marvin muore improvvisamente per un infarto. Barney finalmente accetta l'idea che Bob Barker non sia suo padre, quando suo fratello James si riconcilia col suo papà biologico; il vero padre di Barney è Jerome, colui che ha sempre creduto essere suo zio. Sempre Barney conosce anche Nora, una collega di Robin, della quale s'infatua perdutamente. Dal canto suo, l'amica trova finalmente lavoro in un network nazionale, World Wide News, dove reincontra Sandy Rivers, un suo vecchio collega. Dopo vari tentativi, Lily riesce finalmente a rimanere incinta, mentre Marshall, scosso dalla scomparsa del padre, decide di licenziarsi dalla GNB per coronare il suo vecchio sogno di diventare un avvocato ambientalista. Quando Ted capisce che Zoey ha più a cuore le sorti dell'Arcadian piuttosto che la loro relazione, la lascia e porta avanti il suo progetto, abbattendo lo storico palazzo.